Perbezaan utama antara E. coli dan Pseudomonas aeruginosa adalah bahawa E. coli adalah spesies bakteria anaerob fakultatif yang tergolong dalam keluarga Enterobacteriaceae dan genus Escherichia, sementara P. aeruginosa adalah spesies bakteria aerobik yang tergolong dalam keluarga Pseudomonadadaceae dan genus Pseudomonas.
Kedua-dua E. coli dan Pseudomonas aeruginosa adalah bakteria gram negatif, berbentuk batang dan motil. Selanjutnya, mereka adalah bakteria terkapsul. Tetapi, E. coli adalah spesies genus Escherichia sementara P. aeruginosa adalah spesies genus Pseudomonas.
