Perbezaan utama antara imunofluoresensi langsung dan tidak langsung adalah bahawa imunofluoresensi langsung menggunakan antibodi tunggal yang berfungsi melawan sasaran minat sementara imunofluoresensi tidak langsung menggunakan dua antibodi untuk melabelkan sasaran minat.
Imunofluoresensi atau pencitraan sel adalah teknik yang digunakan untuk melabel antigen sasaran tertentu dengan fluorofor. Di sini, fluorofor adalah sebatian kimia pendarfluor yang dapat memancarkan semula cahaya semasa pengujaan cahaya. Apabila fluorofor mengikat dengan antigen sasaran, ia memungkinkan pengesanan molekul sasaran dalam sampel. Untuk menerangkannya lebih jauh, apabila antigen mengikat dengan antibodi tertentu, ia dapat disambungkan dengan fluorofor. Oleh itu, mudah untuk mengesan kehadiran antigen sasaran dalam sampel ketika memerhatikan di bawah mikroskop pendarfluor.
Selain itu, terdapat dua jenis imunofluoresensi; imunofluoresensi langsung dan tidak langsung. Perbezaan antara imunofluoresensi langsung dan tidak langsung terletak pada bilangan antibodi yang digunakan dan konjugasi fluorofore. Maksudnya, dalam imunofluoresensi langsung, fluorofor secara langsung bergabung dengan antibodi primer sementara pada imunofluoresensi tidak langsung, fluorofore konjugasi dengan antibodi sekunder.
