Perbezaan utama antara maltosa dan isomaltosa adalah bahawa maltosa mempunyai dua unit glukosa yang bergabung antara satu sama lain melalui ikatan alpha 1-4 sedangkan isomaltosa mempunyai dua unit glukosa yang saling bergabung melalui ikatan alpha 1-6.
Maltosa adalah disakarida. Ini bermaksud bahawa ia mempunyai dua unit gula yang saling bergabung. Dalam kes maltosa dan isomaltosa, unit gula adalah molekul glukosa. Oleh itu, kedua-dua bentuk disakarida ini berbeza antara satu sama lain mengikut ikatan kimia antara dua unit glukosa. Walau bagaimanapun, kedua-dua bentuk gula ini mengurangkan gula.
