Perbezaan utama antara genomik struktur dan fungsional adalah bahawa genomik struktural adalah kajian mengenai sifat fizikal genom, termasuk penjujukan dan pemetaan genom sementara genomik fungsional adalah kajian mengenai ekspresi dan fungsi genom.
Genomik adalah bidang biologi yang menyangkut struktur, organisasi, fungsi, evolusi dan pemetaan genom organisma hidup. Ini juga meliputi penjujukan genom, penentuan set lengkap protein yang dikodekan oleh organisme, dan fungsi gen dan jalur metabolik dalam organisme. Dengan kata mudah, genomik adalah kajian skala besar kumpulan gen. Oleh itu, kajian dilakukan pada tahap genom. Genomik struktur dan genomik berfungsi adalah dua cabang utama genomik. Genomik struktur memberi tumpuan kepada pencirian dan menyediakan lokasi ke seluruh kumpulan gen dalam genom. Sebaliknya, genomik berfungsi memberi tumpuan kepada fungsi dan harta benda.
