Perbezaan utama antara patofisiologi dan patogenesis adalah bahawa patofisiologi menerangkan keadaan yang biasanya diperhatikan semasa keadaan penyakit serta proses atau mekanisme yang beroperasi di dalam organisma sementara patogenesis menjelaskan asal dan perkembangan penyakit dan sama ada penyakit itu akut, kronik atau berulang.
Patofisiologi dan patogenesis adalah dua istilah serupa yang digunakan untuk menjelaskan kejadian penyakit dan mekanisme dan ciri yang berkaitan. Patofisiologi menyangkut keadaan yang diperhatikan semasa keadaan penyakit dan proses yang berlaku dalam organisma. Patogenesis memfokuskan pada asal usul dan perkembangan penyakit. Kedua-dua kajian ini penting dalam mendiagnosis penyakit dan mencegah penyebarannya.
