Perbezaan utama antara vektor penyisipan dan penggantian adalah bahawa vektor penyisipan mempunyai kemampuan untuk memasukkan panjang DNA asing yang sederhana sementara vektor pengganti mempunyai kemampuan untuk menampung panjang DNA asing yang lebih besar.
Vektor vektor adalah bakteriofag yang digunakan untuk pengklonan. Terdapat dua jenis vektor phage; mereka adalah vektor sisipan dan vektor penggantian. Juga, semua vektor fag terdiri daripada gen yang tidak penting. Walau bagaimanapun, gen ini mesti dikeluarkan dari fag untuk memudahkan penyisipan DNA asing baru.
