Perbezaan utama antara Cyanobacteria dan Proteobacteria tidak dapat disimpulkan secara khusus. Walau bagaimanapun, cyanobacteria, yang dikenali sebagai alga biru-hijau, benar-benar fotosintetik sementara proteobacteria terdiri daripada pelbagai jenis organisma gram negatif di mana beberapa organisma adalah fotosintetik.
Walaupun Cyanobacteria dan Proteobacteria mempunyai banyak persamaan, berdasarkan kemampuan mereka untuk melakukan fotosintesis, mereka mungkin berbeza antara satu sama lain. Namun, kedua-duanya adalah organisma penting industri dan juga organisma penyebab penyakit.
