Perbezaan utama antara inaktivasi X dan pencetakan genom adalah bahawa inaktivasi X adalah proses di mana satu salinan kromosom X dinonaktifkan pada beberapa wanita, sementara pencetakan genom adalah proses yang bergantung pada induk asal dan ia adalah proses di mana salinan gen dinyatakan secara berbeza.
Inaktivasi X dan pencetakan genom adalah dua proses yang boleh menyebabkan ungkapan monoallelic. Dengan kata mudah, kedua-dua fenomena itu menyebabkan satu salinan gen dimatikan. Pencetakan genom berlaku pada gen tertentu, sementara pengaktifan X menyebabkan pengaktifan gen di seluruh kromosom X. Namun, kedua-dua proses tersebut mengakibatkan penurunan ekspresi gen.
