Perbezaan utama antara asid hidrofluorik dan asid hidroklorik adalah bahawa asid hidrofluorik adalah asid lemah sedangkan asid hidroklorik adalah asid kuat. Juga, asid hidrofluorik mampu membentuk ikatan hidrogen sementara asid hidroklorik tidak dapat membentuk ikatan hidrogen.
Selain itu, satu perbezaan penting antara asid hidrofluorik dan asid hidroklorik adalah pada struktur molekulnya. Molekul asid hidrofluorik mempunyai ion fluorida sedangkan molekul asid hidroklorik mempunyai ion klorida. Selanjutnya, kedua-dua asid hidrofluorik dan hidroklorik adalah penderma proton. Oleh itu, molekul asid ini dapat mengion dalam medium berair yang melepaskan proton (H +). Proton ini menyebabkan keasidan dalam medium berair.
