Perbezaan utama antara genom prokariotik dan eukariotik adalah bahawa genom prokariotik terdapat dalam sitoplasma sementara genom eukariotik berada dalam nukleus.
Genom merujuk kepada keseluruhan koleksi DNA organisma. Dengan kata lain, genom adalah bahan genetik organisma yang mengandungi keseluruhan maklumat genetik. Sebilangan besar organisma mempunyai genom yang terbuat dari DNA. Walau bagaimanapun, beberapa genom berasaskan RNA. Sebagai contoh, virus tertentu mempunyai genom RNA. Apabila mempertimbangkan keseluruhan bahan genetik organisma, ia tidak hanya merangkumi gen atau urutan pengekodan. Ia merangkumi kedua-dua gen dan urutan DNA yang tidak dikodkan.
Oleh kerana maklumat genetik terletak di dalam genom dalam bentuk gen, gen menjalani transkripsi dan terjemahan untuk menghasilkan protein. Terdapat perbezaan antara proses ekspresi genom prokariotik dan eukariotik. Selanjutnya, penyimpanan dan replikasi kedua genom juga berbeza antara prokariota dan eukariota. Tetapi struktur DNA tetap sama (Double Helix) pada kedua organisma. Perbezaan utama antara genom prokariotik dan eukariotik berlaku dengan organisasi organisma selular dan tempat genom berada.
