Perbezaan utama antara DNA prokariotik dan eukariotik adalah bahawa DNA prokariotik bebas terapung di sitoplasma sementara DNA eukariotik terletak di dalam nukleus.
Terdapat dua kategori utama organisma hidup seperti prokariota dan eukariota. Mereka berbeza antara satu sama lain oleh organisasi selular mereka. Oleh itu, prokariota mempunyai organisasi selular sederhana. Mereka kekurangan organel yang terikat pada inti dan membran. Sebaliknya, eukariota mempunyai organisasi selular yang kompleks. Mereka mempunyai nukleus sejati yang mengandungi DNA dan juga organel sel yang terikat membran. Semua prokariota adalah uniselular sementara eukariota mungkin organisma uniselular atau multiselular. Prokariota dan eukariota terutamanya mengandungi genom DNA. DNA mereka dibungkus ke dalam kromosom. Oleh kerana prokariota tidak mempunyai nukleus, DNA mereka bebas terapung di sitoplasma. Walau bagaimanapun, dalam eukariota, kromosom terletak di dalam nukleus. Oleh itu, membran nuklear merangkumi semua DNA eukariotik.
