Perbezaan utama antara asid lemak cis dan trans adalah bahawa asid lemak cis mempunyai dua atom hidrogen yang melekat pada ikatan berganda di sisi rantai karbon yang sama sedangkan asid lemak trans mempunyai dua atom hidrogen yang terikat pada ikatan berganda di sebaliknya sisi rantai karbon.
Asid lemak adalah asid karboksilik yang mengandungi rantai karbon alifatik panjang yang sama ada tepu atau tidak tepu. Ini bermaksud, rantai alifatik mungkin atau tidak mengandungi ikatan berganda antara atom karbon. Asid lemak Cis dan trans adalah dua bentuk asid lemak tak jenuh.
