Perbezaan utama antara endosymbiosis dan simbiosis adalah bahawa endosymbiosis adalah teori yang menerangkan bagaimana mitokondria dan kloroplas memasuki sel eukariotik sementara simbiosis adalah interaksi jangka panjang yang wujud antara dua spesies hidup yang berbeza.
Organisma dalam ekosistem saling berinteraksi dengan cara yang berbeza. Symbiosis adalah interaksi yang wujud antara dua spesies berbeza yang hidup bersama. Beberapa interaksi menguntungkan kedua-dua pihak, sementara beberapa interaksi tetap berkecuali. Walau bagaimanapun, beberapa interaksi lain berbahaya bagi satu pihak, terutama untuk organisma tuan rumah, sementara pihak lain menerima faedah dengan mengorbankan tuan rumah. Kita dapat melihat semua jenis interaksi ini dalam ekosistem. Walau bagaimanapun, interaksi seperti ini sangat penting untuk kestabilan ekosistem. Endosymbiosis, sebaliknya, adalah teori yang menjelaskan asal sel eukariotik dari sel prokariotik.
