Perbezaan utama antara plasmid dan kromosom adalah bahawa plasmid adalah struktur DNA kromosom ekstra untai berkembar dua sedangkan kromosom adalah struktur seperti benang yang teratur yang mengandungi DNA genom yang dililit erat dengan protein.
Sel bakteria mengandungi kromosom dan beberapa lingkaran DNA ekstra-kromosom yang disebut plasmid. Kromosom bakteria mengandungi DNA genomik bakteria. Selanjutnya, DNA genomik eukariotik juga wujud sebagai kromosom. Genom manusia mempunyai 46 kromosom. Secara amnya, plasmid terdapat dalam bakteria dan archaea. Walaupun bakteria mempunyai plasmid, plasmid tidak mengandungi gen yang penting untuk kelangsungan hidup bakteria dan fungsi utamanya. Walau bagaimanapun, plasmid mengandungi beberapa gen yang memberikan kelebihan tambahan kepada bakteria seperti ketahanan terhadap antibiotik, toleransi kekeringan, ketahanan terhadap herbisida, dan lain-lain. Tujuan artikel ini adalah untuk membincangkan perbezaan antara plasmid dan kromosom secara terperinci.