Perbezaan utama antara fermentasi dan pernafasan adalah bahawa penapaian berlaku semasa ketiadaan oksigen sementara pernafasan memerlukan oksigen.
Organisma memerlukan tenaga untuk melakukan aktiviti sel. Oleh itu, mereka menghasilkan molekul tenaga dalam bentuk ATP. Mereka menggunakan substrat yang berbeza dan dipecah menjadi bentuk yang berbeza, dan tenaga pelepasan berubah menjadi molekul tenaga yang dapat digunakan oleh sel. Glukosa adalah substrat utama banyak organisma. Fermentasi dan pernafasan adalah dua proses selular yang menghasilkan tenaga dengan memecah glukosa melalui beberapa langkah. Walau bagaimanapun, pernafasan lebih cekap dan menghasilkan lebih banyak molekul ATP daripada penapaian.
