Perbezaan utama antara antigen dan patogen adalah bahawa antigen adalah bahan asing, racun atau molekul yang dapat merangsang tindak balas imun untuk menghasilkan antibodi terhadapnya sementara patogen adalah organisma, terutama mikroba, yang menjangkiti tubuh kita dan menyebabkan penyakit.
Patogen adalah organisma asing yang menyebabkan penyakit pada tumbuhan dan haiwan inang. Antigen adalah molekul yang terletak di dinding sel bakteria atau lapisan organisma. Antigen menyebabkan sistem imun kita menghasilkan antibodi terhadapnya dan melindungi tubuh kita daripada organisma asing yang berbahaya.
