Perbezaan utama antara antigen O dan H adalah bahawa antigen O adalah bahagian terluar dari permukaan bakteria sementara antigen H adalah struktur seperti benang langsing yang merupakan sebahagian dari flagela.
Antigen adalah tempat pengenalan molekul yang terdapat di banyak bakteria, kulat, virus, zarah debu dan zarah selular dan bukan sel lain yang dapat dikenali oleh sistem imun tuan rumah. Secara amnya, kebanyakan antigen terdapat di permukaan sel. Secara struktural, antigen boleh berupa protein, asid amino, lipid, glikolipid atau glikoprotein atau penanda asid nukleik. Molekul-molekul ini mempunyai kemampuan khusus untuk menimbulkan tindak balas imun pada inang. Tindak balas imun ini berlaku dengan mencetuskan pengeluaran antibodi sebagai hasil yang sesuai.
Antigen biasanya digunakan dalam sistem pengenalan serotype untuk bakteria. Salmonella adalah genus bakteria yang mempunyai banyak serotip. Serotip adalah kumpulan mikroorganisma dalam spesies yang sama. Serotip ini dapat dibezakan dengan menggunakan gabungan antigen O dan antigen H. O antigen adalah rantai sisi LPS sementara antigen H adalah bahagian dari flagella.
