Perbezaan utama antara HPLC dan GC adalah bahawa HPLC menggunakan fasa pegun dan fasa bergerak cecair sedangkan GC menggunakan fasa pegun cair dan fasa bergerak gas.
HPLC dan GC adalah kedua-dua kaedah pemisahan sebatian dari campuran. Walaupun HPLC merujuk kepada Kromatografi Cecair Tekanan Tinggi, GC hanyalah Kromatografi Gas. Oleh itu, HPLC berlaku untuk konstituen yang berupa cecair, tetapi GC berguna apabila sebatiannya bersifat gas atau sebatian yang mengalami pengewapan semasa proses pemisahan. Walau bagaimanapun, keduanya mempunyai prinsip asas molekul berat yang sama mengalir lebih perlahan daripada molekul yang lebih ringan.
