Perbezaan utama antara antigen endogen dan eksogen adalah bahawa antigen endogen dihasilkan di dalam sel sementara antigen eksogen memasuki badan dari luar.
Antigen adalah molekul atau bahan yang bertindak balas terhadap produk tindak balas imun tertentu dan merangsang penghasilan antibodi. Antigeniti molekul tertentu adalah kemampuan antigen untuk mendorong pengeluaran antibodi. Juga, antigen boleh berupa protein atau polisakarida. Selanjutnya, sel penyajian antigen (APC), seperti sel dendritik memediasi proses pengambilan antigen, pemprosesan antigen, dan penyajian antigen. Lebih-lebih lagi, bergantung pada aktiviti imun, antigen dapat diklasifikasikan sebagai imunogen, tolerogen, atau alergen. Selain itu, kita juga dapat mengklasifikasikan antigen mengikut asalnya sebagai eksogen atau endogen.
