Perbezaan Utama - Urutan Microarray vs RNA
Transkripome mewakili keseluruhan kandungan RNA yang ada dalam sel termasuk mRNA, rRNA, tRNA, RNA yang terdegradasi, dan, RNA yang tidak terurai. Transkripome profil adalah proses penting untuk memahami pandangan sel. Terdapat beberapa kaedah lanjutan untuk profil transkrip. Urutan mikro dan RNA adalah dua jenis teknologi yang dikembangkan untuk menganalisis transkripome. Perbezaan utama antara penjujukan mikro dan RNA adalah bahawa mikroarray didasarkan pada potensi hibridisasi probe berlabel yang telah dirancang dengan urutan cDNA sasaran sementara penjujukan RNA didasarkan pada penjujukan langsung helai cDNA dengan teknik penjujukan maju seperti NGS. Microarray dilakukan dengan pengetahuan sebelumnya mengenai urutan dan penjujukan RNA dilakukan tanpa pengetahuan sebelumnya mengenai urutan.
KANDUNGAN
1. Gambaran Keseluruhan dan Perbezaan Utama
2. Apa itu Microarray
3. Apakah RNA Urutan
4. Perbandingan Berdampingan - Microarray vs RNA Sequencing
5. Ringkasan
Apa itu Microarray?
Microarray adalah kaedah throughput yang kuat, boleh dipercayai dan tinggi yang digunakan untuk profil transkripome oleh saintis. Ini adalah pendekatan yang paling popular untuk analisis transkrip. Ini adalah kaedah kos rendah, yang bergantung pada probe hibridisasi.
Teknik ini dimulakan dengan pengambilan mRNA dari sampel dan pembinaan perpustakaan cDNA dari jumlah RNA. Kemudian dicampurkan dengan probe yang dilabelkan secara pendarfluor pada permukaan padat (spot matrix). Urutan pelengkap dihibridisasi dengan probe berlabel di microarray. Kemudian microarray dicuci dan disaring, dan gambarnya diukur. Data yang dikumpulkan harus dianalisis untuk mendapatkan profil ekspresi relatif.
Intensiti probe microarray dianggap sebanding dengan kuantiti transkrip dalam sampel. Walau bagaimanapun, ketepatan teknik bergantung pada prob yang dirancang, pengetahuan sebelumnya mengenai urutan dan pertalian probe untuk hibridisasi. Oleh itu teknologi microarray mempunyai batasan. Teknik microarray tidak dapat dilakukan dengan transkrip berlimpah rendah. Ia gagal membezakan isoform dan mengenal pasti varian genetik. Oleh kerana kaedah ini bergantung pada hibridisasi probe, beberapa masalah yang berkaitan dengan hibridisasi seperti hibridisasi silang, hibridisasi tidak spesifik dll berlaku dalam teknik microarray.
Gambar 01: Microarray
Apa itu Urutan RNA?
Penjujukan penjejakan senapang RNA (RNA seq) adalah teknik penjujukan transkripome keseluruhan yang baru dikembangkan. Ini adalah kaedah throughput profil transkrip yang pantas dan tinggi. Ini secara langsung mengukur ekspresi gen dan menghasilkan penyelidikan mendalam terhadap transkripom. RNA seq tidak bergantung pada probe yang telah dirancang atau pengetahuan sebelumnya mengenai urutan. Oleh itu, kaedah RNA seq mempunyai kepekaan dan keupayaan tinggi untuk mengesan gen baru dan varian genetik.
Kaedah penjujukan RNA dilakukan melalui beberapa langkah. Jumlah RNA sel mesti diasingkan dan dipecah-pecah. Kemudian, dengan menggunakan transkripase terbalik, perpustakaan cDNA mesti disediakan. Setiap helai cDNA mesti dihubungkan dengan penyesuai. Kemudian serpihan ligasi mesti diperkuat dan dimurnikan. Akhirnya menggunakan kaedah NGS, penjujukan cDNA mesti dilakukan.
Gambar 02: Urutan RNA
Apakah perbezaan antara penjujukan mikroarray dan RNA?
Artikel Diff Tengah sebelum Jadual
Urutan Microarray vs RNA |
|
| Microarray adalah kaedah throughput tinggi yang kuat, boleh dipercayai, dan tinggi. | Penjujukan RNA adalah kaedah throughput yang tepat dan tinggi. |
| Kos | |
| Ini adalah kaedah kos rendah. | Ini adalah kaedah yang mahal. |
| Analisis Sebilangan Besar Sampel | |
| Ini memudahkan menganalisis sebilangan besar sampel secara serentak. | Ini memudahkan menganalisis sebilangan besar sampel. |
| Analisis data | |
| Analisis data adalah kompleks. | Lebih banyak data dihasilkan dalam kaedah ini; oleh itu, prosesnya lebih kompleks. |
| Pengetahuan Terdahulu mengenai Urutan | |
| Kaedah ini didasarkan pada probe hibridisasi, sehingga pengetahuan urutan sebelumnya diperlukan. | Kaedah ini tidak bergantung pada pengetahuan urutan sebelumnya. |
| Variasi Struktur dan Gen Novel | |
| Kaedah ini tidak dapat mengesan variasi struktur dan gen novel. | Kaedah ini dapat mengesan variasi struktur seperti penggabungan gen, penyambungan alternatif, dan gen baru. |
| Kepekaan | |
| Ini tidak dapat mengesan perbezaan ekspresi isoform, jadi ini mempunyai kepekaan yang terhad. | Ini mempunyai kepekaan yang tinggi. |
| Hasil | |
| Ini hanya boleh menghasilkan tahap ekspresi relatif. Ini tidak memberikan pengukuran mutlak ungkapan gen. | Ia memberikan tahap ekspresi mutlak dan relatif. |
| Analisis Semula Data | |
| Ini perlu dijalankan semula untuk menganalisis semula. | Data urutan dapat dianalisis semula. |
| Keperluan untuk Personel dan Prasarana Tertentu | |
| Infrastruktur dan kakitangan tertentu tidak diperlukan untuk microarray. | Infrastruktur dan personel khusus yang diperlukan oleh penjujukan RNA. |
| Isu teknikal | |
| Teknik microarray mempunyai masalah teknikal seperti hibridisasi silang, hibridisasi tidak spesifik, kadar pengesanan terhad bagi probe individu, dll. | Teknik RNA seq mengelakkan masalah teknikal seperti hibridisasi silang, hibridisasi tidak spesifik, kadar pengesanan terhad bagi probe individu, dll |
| Bias | |
| Ini adalah kaedah berat sebelah kerana bergantung pada hibridisasi. | Bias rendah berbanding microarray. |
Ringkasan - Urutan Microarray vs RNA
Kaedah penjujukan mikroarray dan RNA adalah platform throughput tinggi yang dikembangkan untuk profil transkrip. Kedua-dua kaedah menghasilkan hasil yang sangat berkaitan dengan profil ekspresi gen. Walau bagaimanapun, penjujukan RNA mempunyai kelebihan berbanding microarray untuk analisis ekspresi gen. Penjujukan RNA adalah kaedah yang lebih sensitif untuk mengesan transkrip kelimpahan rendah daripada microarray. Penjujukan RNA juga memungkinkan pembezaan antara isoform dan pengenalan varian gen. Walau bagaimanapun, microarray adalah pilihan umum kebanyakan penyelidik kerana penjujukan RNA adalah teknik baru dan mahal dengan cabaran menyimpan data dan analisis data yang kompleks.
