Perbezaan utama antara penjujukan klon dengan penjujukan klon dan penjujukan senapang patah terletak pada kaedah tingkah laku mereka. Kaedah penjujukan klon dengan klon melibatkan pemetaan kromosom dan pengklonan sebelum penjujukan sementara klon dengan penjujukan senapang menghilangkan kedua-dua pemetaan kromosom dan langkah pengklonan semasa penjujukan.
Kloning dengan penjujukan klon dan klon dengan penjujukan senapang adalah dua kaedah penjujukan genom moden. Penjujukan penjelasan klon adalah kaedah penjujukan yang lebih dipercayai. Walau bagaimanapun, kaedah pengklonan dengan penjujukan senapang lebih cepat dan lebih murah. Artikel ini memfokuskan pada perbezaan halus antara penjujukan klon dengan penjujukan klon dan penjujukan senapang patah.