Perbezaan utama antara DNA dan cDNA adalah bahawa DNA mengandungi kedua-dua ekson dan intron sementara cDNA hanya mengandungi ekson.
DNA dan cDNA adalah dua jenis asid nukleik yang terdiri daripada deoxyribonucleotides. DNA adalah salah satu makromolekul organisma hidup yang paling penting yang menjadikan genom. Genom mengandungi keseluruhan maklumat genetik organisma. Ia membentuk pelbagai jenis urutan termasuk ekson yang merupakan urutan pengekodan dan intron yang merupakan urutan bukan pengekodan. Sebaliknya, cDNA atau DNA pelengkap adalah bentuk DNA lain yang disintesis secara buatan dari molekul mRNA oleh para saintis. Oleh kerana cDNA berasal dari templat mRNA, ia tidak mengandungi urutan atau intron yang tidak berkod.
