Perbezaan utama antara CDS dan cDNA adalah bahawa CDS atau urutan pengekodan adalah bahagian transkrip yang sebenarnya diterjemahkan ke dalam protein sementara urutan cDNA adalah urutan DNA yang berasal dari mRNA dengan transkripsi terbalik.
Gen adalah urutan nukleotida yang mengkod protein. Ia terdiri daripada wilayah yang berlainan seperti wilayah promosi, laman permulaan transkripsi, ekson, kodon permulaan, intron dan kodon berhenti. Oleh itu, gen mempunyai urutan pengekodan dan bukan kod. Urutan pengekodan atau CDS merujuk kepada ekson dan dua kodon, iaitu kodon permulaan dan kodon berhenti. Ini adalah urutan yang sebenarnya diterjemahkan menjadi protein. Sebaliknya, cDNA adalah urutan DNA yang berasal dari mRNA dengan transkripsi terbalik.
