Perbezaan utama antara pengasingan DNA genom dan DNA plasmid adalah bahawa pengasingan DNA genomik mensasarkan pengekstrakan DNA genomik sementara pengasingan DNA plasmid mensasarkan pengekstrakan DNA plasmid bakteria.
Pengasingan DNA adalah proses kimia yang digunakan untuk mengasingkan DNA dari spesies yang berlainan atau dari sampel yang berbeza. Pengasingan DNA penting dalam teknik biologi molekul hilir, seperti elektroforesis gel, tindak balas rantai polimerase dan teknik penjujukan DNA. Oleh itu, pengasingan DNA adalah proses kimia penting dalam kajian biologi molekul. Berdasarkan tujuan penyelidikan, kadang-kadang diperlukan untuk mengasingkan DNA genom. Di samping itu, beberapa kajian menumpukan pada pengasingan DNA plasmid dari bakteria. Pengasingan DNA genom adalah proses mengasingkan DNA genom dari sampel prokariotik atau eukariotik. Langkah pengasingan berbeza mengikut jenis sel di mana DNA mengasingkan. Pengasingan DNA plasmid adalah proses mengasingkan DNA plasmid dari sel bakteria. Sebagai perbandingan dengan pengasingan DNA genom,keseluruhan prosesnya kompleks dalam pengasingan DNA plasmid.