Perbezaan utama antara karbohidrat dan protein adalah bahawa monosakarida atau gula sederhana adalah monomer karbohidrat sementara asid amino adalah monomer protein.
Karbohidrat dan protein adalah dua jenis makromolekul. Selanjutnya, mereka adalah sebatian organik yang terdiri daripada atom karbon, hidrogen dan oksigen. Di samping itu, protein mengandungi nitrogen, sulfur dan fosforus. Kedua-dua jenis makromolekul adalah sebatian organik yang penting, dan mereka melakukan banyak fungsi yang berbeza dalam organisma hidup. Walau bagaimanapun, mereka berbeza dari segi struktur dan fungsi. Monosakarida adalah unsur asas karbohidrat sementara asid amino adalah blok protein.