Perbezaan utama antara fotosistem 1 dan fotosistem 2 adalah bahawa fotosistem 1 mempunyai pusat tindak balas yang menyusun klorofil molekul P700 yang menyerap cahaya pada panjang gelombang 700 nm. Sebaliknya, sistem fotos II mempunyai pusat tindak balas yang terdiri daripada klorofil molekul P680 yang menyerap cahaya pada panjang gelombang 680 nm.
Fotosistem adalah kumpulan molekul klorofil, molekul pigmen aksesori, protein dan sebatian organik kecil. Terdapat dua sistem foto utama; fotosistem I (PS I) dan fotosistem II (PS II), terdapat dalam membran thylakoid kloroplas pada tumbuhan. Kedua-duanya melakukan reaksi cahaya fotosintesis. Oleh itu, tanaman pada dasarnya memerlukan kedua-dua sistem foto ini. Ini kerana elektron pelucutan dari air memerlukan lebih banyak tenaga daripada sistem fotostat yang diaktifkan oleh cahaya yang dapat saya berikan. Akibatnya, sistem fotosim II dapat menyerap cahaya panjang gelombang (tenaga yang lebih tinggi) yang lebih pendek dan menghubungkan bersama dengan PS I, yang memungkinkan aliran elektron bukan siklik.
