Perbezaan utama antara Ubiquinones dan Cytochromes adalah bahawa Ubiquinones (CoQ) bukan protein sedangkan Cytochromes adalah protein.
Rantai pengangkutan elektron adalah peringkat akhir pernafasan aerobik. Oleh itu, ia berlaku pada membran dalaman mitokondria. Lebih-lebih lagi, ia terdiri daripada pembawa elektron yang memudahkan pengeluaran kecerunan proton melintasi membran. Selain NAD dan flavoprotein, Ubiquinones dan Cytochromes adalah dua jenis pembawa elektron yang terlibat dalam rantai pengangkutan elektron. Ubiquinones adalah molekul organik hidrofobik larut lipid bukan protein sedangkan sitokrom adalah protein yang mengandungi zat besi.
