Perbezaan utama antara BCAA dan asid amino adalah bahawa BCAA adalah asid amino rantai bercabang yang mempunyai rantai sisi alifatik dengan cabang sedangkan asid amino adalah sebatian organik yang mengandungi kumpulan amina, kumpulan karboksilik, dan rantai sampingan tertentu.
Asid amino adalah asas protein. Kumpulan sampingan (R) asid amino menentukan sifat asid amino. Oleh itu, kumpulan sampingan ini khusus untuk asid amino. Dengan kata lain, asid amino yang berlainan mempunyai kumpulan sampingan yang berbeza. Walau bagaimanapun, BCAA mempunyai keunikan tambahan; atom karbon pusat terikat kepada tiga atau lebih atom karbon.
