Perbezaan utama antara pasangan ion dan kromatografi pertukaran ion adalah bahawa, dalam kromatografi pasangan ion, ion dalam sampel dapat "dipasangkan" dan dipisahkan sebagai pasangan ion sedangkan, dalam kromatografi pertukaran ion, ion dalam sampel dapat dipisahkan sebagai kation dan anion secara berasingan.
Kromatografi adalah teknik penting yang membawa kepada pemisahan komponen yang berbeza dalam campuran. Pasangan ion dan kromatografi pertukaran ion adalah teknik analitik yang dapat kita gunakan untuk memisahkan ion dan molekul polar dalam campuran, berdasarkan cas elektrik yang mereka bawa.
