Perbezaan utama antara pasangan asas Watson dan Crick dan Hoogsteen adalah bahawa pasangan asas Watson dan Crick adalah cara standard yang menerangkan pembentukan pasangan asas antara purin dan piramidin. Sementara itu, pasangan asas Hoogsteen adalah cara alternatif untuk membentuk pasangan asas di mana purin mengambil konformasi yang berbeza berkenaan dengan piramidin.
Nukleotida mempunyai tiga komponen: asas nitrogen, gula pentosa dan kumpulan fosfat. Terdapat lima asas nitrogen yang berbeza dan dua gula pentosa yang terlibat dalam struktur DNA dan RNA. Apabila nukleotida ini membentuk urutan nukleotida, asas pelengkap, sama ada purin atau pirimidin, membentuk ikatan hidrogen di antara keduanya. Ini dikenali sebagai pasangan asas. Oleh itu, pasangan asas dibentuk dengan menggabungkan dua asas nitrogen oleh ikatan hidrogen. Pasangan asas Watson dan Crick adalah pendekatan klasik atau standard, sementara pasangan asas Hoogsteen adalah kaedah alternatif untuk membentuk pasangan asas.
