Perbezaan utama antara congener dan isomer adalah bahawa congener merujuk kepada sebatian kimia yang mempunyai struktur dan sifat serupa. Sementara itu, isomer merujuk kepada molekul yang mempunyai formula kimia yang sama tetapi strukturnya berbeza.
Istilah congener dan isomer merujuk kepada kumpulan sebatian yang dikelompokkan mengikut persamaannya. Istilah congener mungkin mempunyai definisi yang berbeza, tetapi dalam kimia, kita kebanyakan menggunakan definisi yang menyatakan bahawa congeners adalah sebatian kimia yang mempunyai struktur dan sifat serupa. Isomer, sebaliknya, adalah sebatian yang mempunyai struktur yang berbeza tetapi komposisi atom yang serupa; oleh itu, mereka juga mempunyai sifat yang berbeza.
