Perbezaan utama antara gen orthologous dan paralogous adalah bahawa gen orthologous adalah gen homolog yang terdapat pada spesies yang berbeza kerana spekulasi, dan mereka melakukan fungsi yang sama. Sebaliknya, gen paralog adalah gen yang terdapat dalam satu spesies kerana pendua dan mereka boleh mempunyai fungsi yang berbeza.
Homologi adalah proses turun-temurun dari nenek moyang bersama. Oleh itu, gen homolog berasal dari gen nenek moyang biasa. Gen orthologous dan paralogous adalah dua jenis gen homolog. Gen ortologi terdapat dalam pelbagai spesies. Mereka berkembang kerana spekulasi, dan mereka mungkin melakukan fungsi yang serupa. Sebaliknya, gen paralogus terdapat dalam satu spesies. Mereka adalah hasil penggandaan genetik, dan mereka boleh mempunyai fungsi yang berbeza.
