Perbezaan utama antara penguatan gen dan pengklonan gen adalah bahawa penguatan gen adalah proses membuat banyak salinan gen yang diminati secara in vitro oleh reaksi berantai polimerase. Tetapi, pengklonan gen adalah proses membuat banyak salinan gen yang berminat dalam vivo dengan membuat plasmid rekombinan dan mengubahnya menjadi bakteria inang.
Gen adalah serpihan DNA tertentu yang memberi kod untuk protein. Organisma mempunyai ribuan gen. Lebih-lebih lagi, adalah mungkin untuk memperbanyak urutan DNA gen penting menggunakan teknik biologi molekul. Penguatan gen dan pengklonan gen adalah dua prosedur tersebut. Kedua-dua prosedur menghasilkan banyak salinan gen yang diminati. Walau bagaimanapun, terdapat perbezaan antara penguatan gen dan pengklonan gen dari segi metodologi mereka.
