Perbezaan utama antara gen epistatik dan gen hipostatik adalah bahawa gen epistatik adalah gen yang mempengaruhi ekspresi gen lain pada lokus yang berbeza sementara gen hipostatik adalah gen yang menjadi subjek kepada gangguan gen epistatik.
Gen tertentu bergantung pada gen bukan allelik lain untuk ungkapannya. Epistasis adalah bentuk interaksi gen di mana satu gen mengganggu atau menutupi ekspresi gen lain yang terletak di lokus yang berbeza. Oleh itu, ia adalah jenis interaksi gen bukan alel. Dalam interaksi gen khas ini, dua gen berinteraksi, dan mereka adalah gen epistatik dan gen hipostatik. Oleh itu, gen yang menutupi ekspresi gen lain dikenal sebagai gen epistatik sementara gen yang ekspresinya terpengaruh dikenali sebagai gen hipostatik.
