Perbezaan utama antara protein pengawalseliaan dan penindas adalah bahawa protein pengawalseliaan dapat mempromosikan atau menghalang transkripsi gen. Sementara itu, protein penekan menghalang ekspresi satu atau lebih gen.
Sebelum melangkah lebih jauh dalam perbincangan mengenai perbezaan antara protein pengawalseliaan dan penindas, mari kita bincangkan secara ringkas peraturan gen. Gen adalah urutan nukleotida tertentu di mana maklumat genetik disembunyikan untuk mensintesis protein. Ekspresi gen dapat diatur dengan cara yang berbeza. Melalui mekanisme yang berbeza, sel mengawal ekspresi gen dan tahap ekspresinya. Secara amnya, peraturan gen berlaku pada tahap transkripsi. Protein pengawalseliaan dan protein penindas adalah dua jenis protein yang terlibat dalam peraturan gen pada tahap transkripsi. Protein pengawalseliaan dan protein penindas ini mengikat urutan tertentu di dekat gen dan mempengaruhi transkripsi gen.