Perbezaan utama antara allozim dan isozim adalah bahawa allozymes dikodkan oleh alel yang berlainan pada lokus yang sama. Tetapi, sebaliknya, isozim dikodkan oleh gen pada lokus yang berbeza.
Enzim adalah biokatalis yang mempercepat tindak balas biokimia. Sebenarnya, mereka adalah molekul protein yang dikodkan oleh gen. Terdapat pelbagai jenis enzim. Beberapa enzim dikodkan oleh alel yang berlainan dari gen yang sama yang terdapat pada lokus yang sama. Mereka dikenali sebagai allozymes. Sebaliknya, beberapa enzim dikodkan oleh gen yang berlainan yang terletak di lokus yang berbeza. Enzim ini dikenali sebagai isozim. Isozim dan allozim boleh digunakan untuk menentukan hubungan antara dua organisma.
