Perbezaan Utama - RAPD vs RFLP
Penanda genetik digunakan dalam Biologi Molekul untuk mengenal pasti variasi genetik antara individu dan spesies. Rawak Amplified Polymorphic DNA (RAPD) dan Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) adalah dua penanda molekul penting yang biasa digunakan di makmal. RAPD dilakukan dengan primer oligonukleotida pendek dan sewenang-wenang, dan ia berdasarkan penguatan rawak dari beberapa lokasi di seluruh DNA templat organisma. RFLP dilakukan dengan endonuclease sekatan tertentu, dan berdasarkan pada polimorfisme serpihan sekatan yang dihasilkan dan hibridisasi. Perbezaan utama antara RAPL dan RFLP adalah bahawa RAPD adalah sejenis teknik PCR yang dilakukan tanpa pengetahuan urutan sebelumnya sedangkan RFLP tidak terlibat dalam PCR dan memerlukan pengetahuan urutan sebelumnya untuk menjalankan teknik tersebut.
KANDUNGAN
1. Gambaran Keseluruhan dan Perbezaan Utama
2. Apa itu RAPD
3. Apa itu RFLP
4. Perbandingan Berdampingan - RAPD vs RFLP
5. Ringkasan
Apa itu RAPD?
RAPD adalah penanda molekul berguna dalam biologi molekul. Ini adalah teknik yang cepat dan mudah. RAPD dapat didefinisikan sebagai metode yang menghasilkan urutan DNA polimorfik sebagai hasil penguatan rawak dari beberapa lokasi templat DNA sasaran. RAPD menggunakan primer oligonukleotida pendek dengan urutan sewenang-wenang untuk penguatan PCR. Primer disintesis secara artifisial tanpa pengetahuan urutan sebelumnya. Oleh itu, ia dianggap sebagai teknik yang mudah dan berguna.
Langkah utama berikut terlibat dalam RAPD.
- Pengekstrakan DNA sasaran
- Penguatan pelbagai lokasi DNA sasaran menggunakan primer yang dipilih secara rawak
- Elektroforesis gel produk PCR yang diperkuat
- Pewarnaan dengan etidium bromida dan pengenalpastian polimorfisme
Hasil daripada variasi anil primer, serpihan yang berbeza dengan panjang yang berbeza dihasilkan semasa penguatan. Oleh itu, corak pita pada gel berbeza di antara individu dan spesies. Oleh itu, RAPD memungkinkan pengesanan variasi genetik antara organisma dalam pengenalan dan pembezaan.
RAPD diterapkan dalam pelbagai kajian biologi molekul seperti pengenalpastian perbezaan genetik antara spesies yang berkait rapat, pemetaan gen, cap jari DNA, pengenalpastian penyakit yang diwarisi, dll.
Gambar 01: RAPD
Apa itu RFLP?
Polimorfisme Panjang Fragmen Sekatan (RFLPs) adalah penanda molekul yang digunakan dalam biologi molekul untuk mengenal pasti variasi genetik dalam urutan DNA homolog. Ia adalah penanda genetik pertama yang dikembangkan untuk cap jari DNA. Semua organisma menghasilkan profil DNA yang unik apabila dihalang dengan enzim sekatan tertentu. RFLP berfungsi sebagai alat penting dalam menghasilkan profil DNA individu yang unik dan mengesan variasi genetik di antara mereka. Apabila sampel DNA dicerna dengan endonuklease sekatan tertentu, ia menghasilkan profil DNA yang berbeza yang unik bagi setiap individu. Oleh itu, prinsip kaedah ini adalah pengesanan variasi genetik di antara organisma dengan mengehadkan DNA homolog dengan enzim sekatan spesifik dan analisis polimorfisme panjang serpihan melalui elektroforesis gel dan pembuangan. Corak bercak unik bagi setiap organisma dan mencirikan genotip tertentu.
Langkah-langkah berikut terlibat dengan RFLP.
- Pengasingan jumlah DNA yang mencukupi dari sampel
- Pecahan sampel DNA dengan endonuklease sekatan tertentu menjadi urutan pendek
- Pemisahan serpihan yang dihasilkan dengan panjang yang berbeza dengan elektroforesis gel agarosa.
- Pindahkan profil gel ke dalam membran dengan penutupan Southern
- Hibridisasi membran dengan probe berlabel dan analisis polimorfisme panjang serpihan pada setiap profil
RFLP mempunyai pelbagai aplikasi seperti diagnosis penyakit warisan, pemetaan genom, pengenalpastian jenayah dalam kajian forensik, ujian ayah, dll.
Gambar 02: Genotyping RFLP
Apakah perbezaan antara RAPD dan RFLP?
Artikel Diff Tengah sebelum Jadual
RAPD vs RFLP |
|
| RAPD adalah penanda molekul berdasarkan primer rawak dan PCR. | RFLP adalah penanda molekul berdasarkan pengeluaran serpihan sekatan panjang yang berbeza. |
| Contoh yang Diperlukan | |
| Sampel DNA kecil sudah cukup untuk analisis RAPD. | Sebilangan besar sampel DNA yang diekstrak diperlukan untuk analisis RFLP. |
| Masa | |
| RAPD adalah proses pantas. | RFLP adalah proses yang memakan masa. |
| Penggunaan Primer | |
| Primer rawak digunakan dan primer yang sama dapat digunakan untuk spesies yang berlainan. | Probe khusus spesies digunakan dalam RFLP untuk hibridisasi. |
| Kebolehpercayaan | |
| Kebolehpercayaan teknik ini kurang dibandingkan dengan RFLP. | RFLP adalah teknik yang boleh dipercayai. |
| Meletup | |
| RAPD melibatkan pembekuan selatan. | Blotting selatan adalah satu langkah RFLP. |
| Pengesanan Variasi Allelik | |
| Variasi allelic tidak dapat dikesan oleh RAPD. | Variasi allelic dapat dikesan oleh RFLP. |
| Perlu Pengetahuan Urutan | |
| RAPD tidak memerlukan pengetahuan urutan sebelumnya. | Pengetahuan urutan sebelumnya diperlukan untuk merancang probe. |
| PCR | |
| PCR terlibat dengan RAPD | PCR tidak terlibat dengan RFLP. |
| Pembiakan semula | |
| RAPD mempunyai kebolehulangan yang rendah | RFLP mempunyai kebolehulangan yang tinggi berbanding RAPD. |
Ringkasan - RAPD vs RFLP
RAPD dan RFLP adalah penanda penting yang digunakan dalam biologi molekul. Kedua-dua kaedah tersebut mampu mengesan variasi genetik antara organisma. RAPD dilakukan menggunakan primer rawak. RFLP dilakukan dengan menggunakan enzim sekatan tertentu. Kedua-dua kaedah menghasilkan profil DNA yang unik untuk organisma individu. RAPD terlibat dalam beberapa langkah berbanding RFLP. Tetapi ia menghasilkan hasil yang kurang dipercayai dan dapat dihasilkan semula daripada RFLP. Ini adalah perbezaan utama antara RAPD dan RFLP.
