Perbezaan utama antara UTR dan intron adalah bahawa UTR adalah urutan nukleotida bukan pengekodan yang termasuk dalam urutan mRNA matang sementara intron adalah urutan yang tidak termasuk dalam molekul mRNA matang.
UTR atau wilayah yang tidak diterjemahkan adalah urutan bukan pengekodan yang terdapat dalam molekul mRNA. Di setiap sisi urutan mRNA, kita dapat melihat satu UTR. Oleh itu, terdapat dua UTR sebagai 5'UTR dan 3'UTR. Sebaliknya, intron adalah urutan bukan pengekodan yang terdapat di antara ekson gen. Intron disambungkan semasa membuat mRNA. Oleh itu, intron tidak dilihat dalam urutan mRNA. Walau bagaimanapun, kedua-dua UTR dan intron adalah elemen penting dari genom eukariotik.
