Perbezaan utama antara vaksin polisakarida dan konjugat adalah bahawa vaksin polisakarida hanya mengandungi polisakarida bebas sebagai antigen sementara vaksin konjugasi mengandungi polisakarida yang digabungkan dengan molekul protein.
Vaksin polisakarida dan konjugasi adalah dua jenis vaksin. Vaksin polisakarida hanya mengandungi kapsul polisakarida sebagai antigen untuk merangsang tindak balas imun. Oleh itu, mereka menyebabkan tindak balas imun yang dapat diabaikan berbanding dengan vaksin konjugat. Vaksin konjugasi mengandungi polisakarida yang disambungkan ke protein imunogenik. Oleh itu, mereka memprovokasi tindak balas imun yang lebih kuat. Lebih-lebih lagi, vaksin konjugasi mewujudkan memori sel B dan imunisasi jangka panjang. Pada masa ini, vaksin konjugasi telah banyak menggantikan vaksin polisakarida.
