Perbezaan utama antara vaksin DNA dan vaksin rekombinan bergantung pada penyediaan vaksin. Penyediaan vaksin DNA berlaku dengan menggunakan gen yang diingini atau serpihan DNA, sementara penyediaan vaksin rekombinan berlaku dengan menggunakan molekul rekombinan atau vektor yang mengandungi fragmen gen yang diinginkan.
Vaksinasi boleh digunakan sebagai kaedah rawatan profilaksis dan juga agen terapi untuk melawan jangkitan. Terdapat banyak bentuk vaksinasi. DNA dan vaksin rekombinan adalah bentuk terbaru. Lebih-lebih lagi, vaksin ini masih dalam penyelidikan.