shRNA vs siRNA
Semasa proses gangguan RNA (RNAi), ekspresi gen sasaran dirobohkan dengan kekhususan dan selektivitas yang tinggi. RNAi adalah proses semula jadi, dan ini melibatkan RNA gangguan kecil (siRNA) dan RNA jepit rambut pendek (shRNA) dan shRNA dwi-fungsi. Pada masa ini, RNAi digunakan secara meluas sebagai alat untuk terapi kanser yang diperibadikan. Penerapan RNAi pada dasarnya dilakukan dengan molekul shRNA berasaskan untai siRNA dan vektor yang disintesis secara kimia. Walaupun kedua molekul ini mempunyai hasil fungsional yang serupa, strukturnya berbeza; oleh itu, mekanisme tindakan molekul, jalur RNA, dan kesan luar sasaran kedua molekul ini juga berbeza.
shRNA
shRNA adalah urutan molekul RNA kecil yang membuat putaran jepit rambut yang ketat dapat digunakan untuk membungkam ekspresi gen sasaran semasa RNAi. Ekspresi shRNA dicapai oleh vektor, yang boleh menjadi virus atau bakteria atau dengan penyebaran plasmid. Mereka disintesis dalam inti sel dan diangkut ke sitoplasma untuk proses selanjutnya. Molekul-molekul ini mempunyai jalur pematangan miRNA yang serupa; oleh itu sintesis miRNA telah memberikan asas untuk memahami sintesis shRNA. Sama ada RNA polimerase II atau III dapat mentranskripsikan shRNA melalui RNA polimerase II atau III. Kelebihan penggunaan shRNA adalah bahawa mereka mempunyai kadar penurunan dan perolehan yang agak rendah. Kelemahannya adalah bahawa ia memerlukan vektor ekspresi, yang dapat menyebabkan beberapa masalah keselamatan.
siRNA
siRNA adalah molekul RNA untai berganda yang terdiri daripada 20-25 pasangan asas panjangnya. Ini digunakan untuk penekanan gen dengan membungkam mana-mana gen dengan urutan nukleotida pelengkap dalam jalur RNAi. Kejatuhan gen dengan pemindahan siRNA sering kali tidak berjaya kerana kesan sementara; terutamanya dalam sel yang membahagi dengan cepat dan penindasan tidak bertahan lebih lama. Untuk mengatasi masalah ini, siRNA diubahsuai dengan memperkenalkan struktur jepit rambut pendek. Molekul yang diubah suai ini kemudian dikenali sebagai shRNA. shRNA harus ditukar menjadi siRNA oleh Dicer untuk meneruskan fungsi normalnya.
Apakah perbezaan antara shRNA dan siRNA?
• Tidak seperti siRNA, shRNA mempunyai struktur jepit rambut tambahan. shRNA adalah versi siRNA yang diubah suai.
• shRNA memerlukan vektor ekspresi, sedangkan siRNA tidak.
• shRNA boleh digunakan untuk knockdown jangka panjang sementara siRNA hanya dapat digunakan untuk knockdown gen jangka pendek.
• Tidak seperti penekanan gen siRNA, penindasan shRNA tahan lama, dan jika dimasukkan melalui vektor virus yang sesuai, ia dapat menghasilkan kesan membisu gen kekal.
• Dicer diperlukan untuk menukar shRNA kembali ke molekul siRNA untuk melaksanakan fungsi normalnya.
