Perbezaan utama antara endopeptidase dan exopeptidase adalah bahawa endopeptidase memutuskan ikatan peptida dalam molekul protein sementara eksopeptidase memutuskan ikatan peptida di terminal molekul protein.
Protein adalah makromolekul penting, yang penting untuk sebahagian besar tindak balas biokimia yang berlaku pada semua organisma. Asid amino yang berlainan bergabung dan membentuk protein ini. Selanjutnya, enzim memangkin hidrolisis protein menjadi asid amino. Mereka adalah enzim tertentu yang disebut protease atau peptidase. Oleh itu, mereka mempunyai keupayaan untuk memecah rantai protein peptida menjadi asid amino. Lebih-lebih lagi, peptidase boleh menjadi endopeptidases atau exopeptidases.
