Perbezaan utama antara unsur atom dan molekul adalah bahawa unsur atom adalah spesies kimia yang wujud sebagai atom bebas sedangkan unsur molekul adalah bahan molekul yang terdiri daripada dua atau lebih atom dari satu unsur.
Unsur atom adalah unsur kimia yang paling stabil; terutamanya gas mulia. Oleh itu, mereka boleh wujud sebagai atom bebas. Tetapi mereka juga boleh mengalami tindak balas kimia untuk membentuk sebatian. Sebaliknya, unsur molekul adalah sebatian kimia yang mengandungi sekurang-kurangnya dua atom unsur kimia yang sama. Atom-atom ini saling mengikat melalui pembentukan ikatan kimia antara atom.
