Perbezaan utama antara molekul dan atom adalah bahawa molekul adalah gabungan dua atau lebih atom melalui ikatan kimia sedangkan atom adalah spesies kimia individu yang dapat bergabung antara satu sama lain untuk membentuk molekul dan ion.
Semua bahan di dunia terdiri daripada atom dan molekul, oleh itu kita boleh menganggapnya sebagai asas bagi segala sesuatu di planet ini, termasuk kita. Dalam istilah awam, kita dapat mengatakan bahawa unit paling asas dan terkecil dari unsur kimia apa pun adalah atom. Unsur kimia adalah spesies atom. Sebagai contoh, unit gas oksigen terkecil adalah atom oksigen; kita dapat merepresentasikannya dengan huruf O. Walau bagaimanapun, atom oksigen ini tidak wujud secara bebas, dan hanya apabila ia bergabung secara kimia dengan atom oksigen lain ia menjadi stabil. Ia kemudian menjadi molekul, dan kita boleh mewakilinya dengan formula kimia O 2.
