Perbezaan utama antara BLAST dan FastA adalah bahawa BLAST adalah alat penjajaran asas yang terdapat di laman web Pusat Maklumat Bioteknologi Nasional sementara FastA adalah alat pencarian kesamaan yang terdapat di laman web Institut Bioinformatika Eropah.
BLAST dan FastA adalah dua perisian yang banyak digunakan untuk membandingkan urutan biologi DNA, asid amino, protein, dan nukleotida pelbagai spesies dan mencari kesamaannya. Algoritma ini ditulis dengan cepat. Kerana, ketika para saintis dapat mengasingkan DNA di makmal pada pertengahan 1980-an, hal itu menimbulkan kebutuhan untuk membandingkan dan mencari gen yang serupa untuk penyelidikan lebih lanjut dengan kecepatan tinggi. Oleh itu, kedua-dua perisian ini dikembangkan dengan cara yang pengguna dapat melakukan carian pantas dari urutan yang serupa dengan urutan pertanyaan mereka.
BLAST adalah singkatan dari Basic Search Alignment Search Tool dan menggunakan pendekatan yang dilokalkan dalam membandingkan dua urutan. FastA adalah perisian yang merujuk kepada Fast A di mana A bermaksud Semua. Di sini, perisian berfungsi dengan huruf seperti Fast A untuk penjujukan DNA dan Fast P untuk protein. BLAST dan FastA sangat pantas dalam membandingkan sebarang pangkalan data genom dan, oleh itu, sangat baik dalam bentuk wang dan juga menjimatkan masa.
