Perbezaan utama antara pembezaan dan morfogenesis adalah bahawa pembezaan menggambarkan bagaimana sel menjadi khusus untuk menjalankan fungsi unik, sementara morfogenesis menggambarkan perkembangan bentuk organisma hidup.
Organisma multiselular memulakan hidupnya dari satu sel, sama ada membentuk spora atau zigot. Oleh itu, pembezaan sel dan morfogenesis adalah dua proses yang berbeza dan utama yang berlaku semasa perkembangan organisma multisel. Pembezaan adalah proses pembentukan jenis sel khusus yang berbeza. Ini membawa kepada pematangan sel dan tisu yang melakukan fungsi tertentu untuk organisma. Sebaliknya, morfogenesis adalah proses mengembangkan pelbagai bentuk organisma hidup. Ini menentukan bentuk sel, tisu, organ atau organisma.
