Perbezaan utama antara alloantibody dan autoantibody adalah bahawa alloantibody adalah antibodi yang dihasilkan terhadap alloantigens, yang merupakan antigen asing yang diperkenalkan melalui transfusi atau kehamilan. Sementara itu, autoantibody adalah antibodi yang bertindak balas dengan antigen diri.
Antibodi dihasilkan sebagai hasil tindak balas imun. Mereka mungkin menggambarkan kehadiran, sifat dan intensiti tindak balas imun. Sistem imun harus dapat mengenal pasti antigen diri dan antigen asing secara berasingan. Sangat penting untuk fungsinya. Sel B dari sistem imun menghasilkan antibodi terhadap antigen. Alloantibodies dan autoantibodi adalah dua jenis antibodi tersebut. Alloantibodies dihasilkan kerana pengenalan alloantigens ke dalam badan melalui transfusi atau kehamilan. Sebaliknya, autoantibodi adalah antibodi yang bertindak balas dengan antigen diri. Reaksi autoantibodi dengan antigen diri bertanggungjawab untuk keradangan, kerosakan dan disfungsi tisu dan organ, yang membawa kepada tanda-tanda dan gejala gangguan autoimun.