Perbezaan Utama - SYBR Green vs Taqman
SYBR Green dan Taqman adalah dua kaedah yang digunakan untuk mengesan atau menonton proses penguatan PCR masa nyata. SYBR Green adalah kaedah berdasarkan pewarnaan pewarnaan asid nukleik sementara Taqman adalah kaedah berdasarkan probe hidrolisis. Kedua-dua teknologi ini dirancang untuk menghasilkan pendarfluor semasa PCR, yang memungkinkan mesin PCR masa nyata untuk memantau reaksi dalam "masa nyata". Kaedah SYBR Green dilakukan dengan menggunakan pewarna pendarfluor yang disebut SYBR green dan mengesan penguatan dengan mengikat pewarna untuk menghasilkan DNA untai ganda. Taqman dilakukan dengan menggunakan probe berlabel dua dan mengesan penguatan dengan penurunan probe oleh Taq polymerase dan pembebasan fluorophore. Ini adalah perbezaan utama antara SYBR Green dan Taqman.
KANDUNGAN
1. Gambaran Keseluruhan dan Perbezaan Utama
2. Apa itu SYBR Green
3. Apa itu Taqman
4. Perbandingan Berdampingan - SYBR Green vs Taqman
5. Ringkasan
Apa itu SYBR Green?
SYBR Green adalah pewarna pendarfluor yang digunakan untuk mengotorkan asid nukleik, terutama DNA untai ganda dalam Biologi Molekul. Kaedah SYBR Green digunakan untuk mengukur produk PCR semasa PCR masa nyata. Setelah mengikat dengan DNA, kompleks pewarna DNA yang dihasilkan menyerap cahaya biru dan memancarkan cahaya hijau yang kuat. Ia berlaku kerana perubahan struktur yang berlaku pada molekul pewarna setelah mengikat dengan DNA untai dua. Apabila PCR mencipta semakin banyak DNA, lebih banyak molekul pewarna mengikat dengan DNA, menghasilkan lebih banyak pendarfluor. Oleh itu, pendarfluor meningkat dengan pengumpulan produk PCR. Oleh itu, jumlah produk PCR dapat diukur secara kuantitatif dengan pengesanan pendarfluor SYBR Green.
Pewarna hijau SYBR juga dapat digunakan untuk pelabelan DNA dalam sitometri dan mikroskopi pendarfluor. Ethidium bromide telah berjaya digantikan oleh SYBR Green kerana Ethidium bromide adalah pewarna karsinogenik dengan masalah pembuangan semasa visualisasi DNA dalam elektroforesis gel.
Terdapat kelebihan dan kekurangan kaedah SYBR green. Kaedah ini sangat sensitif, murah dan mudah digunakan. Namun, kerana kemampuannya untuk mengikat pada DNA untai dua, pengikatan tidak spesifik dapat menyebabkan kuantifikasi produk PCR berlebihan.
Gambar 01: Teknik Hijau SYBR
Apa itu Taqman?
Taqman adalah kaedah alternatif untuk SYBR Green untuk memantau proses PCR masa nyata. Kaedah ini bergantung pada aktiviti eksonukase 5 '- 3' enzim Taq polymerase untuk menurunkan probe semasa pemanjangan helai baru dan pembebasan fluorophore. Probe berlabel dua digunakan dalam kaedah ini dan ia berdasarkan hidrolisis prob. Probe dilabel secara fluoresen oligonukleotida DNA yang mempunyai molekul reporter pendarfluor (fluorophore) pada hujung 5 'dan molekul pemadam pada hujung 3'. Mereka direka untuk mengikat pada templat helai tunggal di seberang anil primer. Taq polymerase menambah nukleotida ke primer dan memanjangkan helai baru ke arah probe berlabel dua. Sebaik sahaja Taq polymerase memenuhi probe, tindakan exonuclease dari Taq polymerase mengaktifkan dan menurunkan probe. Setelah menyelesaikan sintesis helai baru, probe mengalami degradasi lengkap dan melepaskan fluorofor. Pelepasan fluorophore menghasilkan pendarfluor. Molekul pendarfluor dengan berkesan memadamkan cahaya yang dipancarkan dan menghasilkan output untuk pengukuran produk PCR. Pembebasan fluorofor dan kuantiti produk PCR adalah berkadar. Oleh itu, pengukuran dapat dilakukan dengan mudah dengan kaedah Taqman.kuantifikasi dapat dilakukan dengan mudah dengan kaedah Taqman.kuantifikasi dapat dilakukan dengan mudah dengan kaedah Taqman.
Gambar 02: Kaedah Taqman
Kaedah taqman digunakan dalam PCR masa nyata, pengukuran ekspresi gen, pengesanan polimorfisme genetik, pengukuran penghapusan DNA kromosom, pengenalpastian bakteria, pengesahan analisis mikroarray, genotip SNP dll.
Apakah perbezaan antara SYBR green dan Taqman?
Artikel Diff Tengah sebelum Jadual
SYBR Green vs Taqman |
|
| SYBR Green didasarkan pada pewarna pengikat DNA. | Taqman bergantung pada probe hibridisasi dan aktiviti eksonuklease 5 'hingga 3' polimerase Taq. |
| Probe Berlabel Fluoresen | |
| Tidak diperlukan probe berlabel fluoresensi. | Probe berlabel dua diperlukan. |
| Analisis Gen Multipleks | |
| Ia tidak boleh digunakan untuk sasaran gen multipleks. | Ia boleh digunakan untuk sasaran gen multipleks. |
| Kos | |
| Ini lebih murah. | Ini lebih mahal. |
| Kekhususan | |
| Ini kurang spesifik dan mengikat dengan DNA helai ganda | Ini sangat spesifik kerana probe mengesan produk penguat tertentu. |
| Keberkesanan | |
| Ini kurang berkesan. | Ini sangat berkesan. |
| Permohonan | |
| Ini digunakan dalam PCR masa nyata, visualisasi gel agarosa, pelabelan DNA dll. | Ini digunakan dalam PCR masa nyata, pengukuran ekspresi gen, pengesanan polimorfisme genetik, dll. |
Ringkasan - SYBR Green dan Taqman
Taqman dan SYBR green adalah dua kaedah yang digunakan dalam PCR masa nyata (PCR kuantitatif). Kedua-dua kaedah tersebut membolehkan pengukuran produk PCR dengan cekap dan bergantung pada pelepasan pendarfluor. Kaedah Taqman menggunakan probe berlabel dua untuk mengesan DNA terkumpul sementara kaedah SYBR Green menggunakan pewarna pendarfluor. Kedua-dua kaedah ini juga mempunyai aplikasi yang berbeza dalam biologi molekul.
