Perbezaan utama antara ujian DNA ibu dan ibu bergantung pada jenis sumber DNA yang digunakan dalam prosedur pengujian. Ujian DNA ibu menggunakan DNA mitokondria untuk mendapatkan keturunan ibu, sementara ujian DNA ayah menggunakan Y-DNA untuk mendapatkan keturunan ayah.
Penentuan keturunan pada lelaki dan wanita adalah penting untuk menentukan hubungan kekeluargaan. Lebih-lebih lagi, ujian DNA ibu dan bapa juga menentukan identiti individu. Beberapa teknik molekul yang digunakan dalam analisis ini adalah cap jari DNA, analisis Pendek Tandas Pendek, dan polimorfisme panjang Pecahan Sekatan (RFLP).
