Perbezaan utama antara topoisomerase prokariotik dan eukariotik adalah asal selular topoisomerase. Topoisomerase prokariotik terdapat dalam sel-sel asal sel prokariotik sementara topoisomerase eukariotik terdapat di antara organisma dengan asal selular eukariotik. Selain itu, mereka juga berbeza dalam pengedaran. Topoisomerase prokariotik terdapat di sitoplasma sel sementara topoisomerase eukariotik diedarkan dalam nukleus.
Isomerase adalah sekumpulan enzim yang menjadi pemangkin struktur susunan molekul. Topoisomerase adalah salah satu jenis isomerase. Ia mengubah topologi molekul DNA dengan mengatur lapisan super DNA. Ia memotong dan menutup semula satu atau kedua helai dupleks DNA. Oleh itu, DNA dapat menjalani replikasi, transkripsi, pembaikan dan pemisahan kromosom. Terdapat dua jenis topoisomerase iaitu topoisomerase I dan II.
